Izin penyelenggaraan Ma’had Aly hanya pada satu fokus studi saja, dengan tujuan Ma’had Aly tersebut dapat fokus pada satu bidang kajian tertentu. Selanjutnya Menteri Agama Republik Indonesia, Lukman Hakim Saifuddin, membacakan nama-nama 13 Ma’had Aly yang diresmikan, antara lain;

1) Ma’had Aly Saidusshiddiqiyyah, Pondok Pesantren As-Shiddiqiyah Kebon Jeruk (DKI Jakarta)dengan program takhasus (spesialisasi) “Sejarah dan Peradaban Islam” (Tarikh Islami wa Tsaqafatuhu);

2) Ma’had Aly Syekh Ibrahim Al Jambi, Pondok Pesantren Al As’ad Kota Jambi (Jambi), dengan program takhasus “Fiqh dan Ushul Fiqh” (Fiqh wa Ushuluhu);

3) Ma’had Aly Sumatera Thawalib Parabek, Pondok Pesantren Sumatera Thawalib Parabek, Agam (Sumatera Barat), dengan program takhasus “Fiqh dan Ushul Fiqh” (Fiqh wa Ushuluhu);

4) Ma’had Aly MUDI Mesjid Raya, Pondok PesantrenMa’hadul ‘Ulum Ad Diniyyah Al Islamiyah (MUDI) Mesjid Raya, Bireun (Aceh), dengan program takhasus “Fiqh dan Ushul Fiqh” (Fiqh wa Ushuluhu);

5) Ma’had Aly As’adiyah, Pondok Pesantren As’adiyah Sengkang (Sulsel), dengan program takhasus “Tafsir dan Ilmu Tafsir” (Tafsir wa Ulumuhu);

6) Ma’had Aly Rasyidiyah Khalidiyah, Pondok Pesantren Rasyidiyah Khalidiyah Amuntai (Kalsel), dengan program takhasus “Aqidah dan Filsafat Islam” (Aqidah wa Falsafatuhu);

7) Ma’had Aly salafiyah Syafi’iyah, Pondok Pesantren Salafiyah Syafi’iyah Situbondo (Jatim), dengan program takhasus “Fiqh dan Ushul Fiqh” (Fiqh wa Ushuluhu);

8) Ma’had Aly Hasyim Al-Asy’ari, Pondok PesantrenTebuireng Jombang (Jatim), dengan program takhasus “Hadits dan Ilmu Hadits” (Hadits wa Ulumuhu);

9) Ma’had Aly At-Tarmasi, Pondok Pesantren Tremas (Jatim), dengan program takhasus “Fiqh dan Ushul Fiqh” (Fiqh wa Ushuluhu);

10) Ma’had Aly Pesantren Maslakul Huda fi Ushul al-Fiqh, Pondok Pesantren Maslakul Huda Kajen Pati (Jateng), dengan program takhasus “Fiqh dan Ushul Fiqh” (Fiqh wa Ushuluhu);

11) Ma’had Aly PP Iqna ath-Thalibin, Pondok Pesantren Al Anwar Sarang Rembang (Jateng),dengan program takhasus “Tasawwuf dan Tarekat” (Tashawwuf wa Thariqatuhu);

12) Ma’had Aly Al Hikamussalafiyah, Pondok Pesantren Madrasah Hikamussalafiyah (MHS)Cirebon (Jabar), dengan program takhasus “Fiqh dan Ushul Fiqh” (Fiqh wa Ushuluhu); dan

13) Ma’had Aly Miftahul Huda, Pondok PesantrenManonjaya Ciamis (Jabar), dengan program takhasus “Aqidah dan FIlsafat Islam” (Aqidah wa Falsafatuhu).

Lukman Hakim Saifuddin, Menteri Agama RI